职能部门
一．办公室
（一）办公室
主要职责：认真贯彻执行院各项规章制度和上级有关部门的指示、决定，协助院领导对全院工作进行综合协调，处理日常事务；负责院党委会、院长办公会议决策及重要事项的督办；负责公文处理、会议纪要及年度工作总结、工作计划等文字相关工作和文件整理、存档工作；负责印章管理与使用，及各类证明材料出具工作；负责保密管理工作及保密委员会日常工作；负责网络安全与信息化领导小组日常工作及院网站、综合办公系统的建设与管理工作；负责安全生产、消防、信访维稳及节假日值班工作；负责公务接待、重要活动（会议）的筹备组织、会务等工作；归口管理宣传、集体户口、节能、职工体检等工作；负责办公用品采购等后勤服务与保障工作；负责院里的外事管理、国际交流；承担上级部门和院领导交办的其他事项。
（二）科技交流与服务中心（里水基地建设与管理办公室）
主要职责：与办公室合署办公。负责与驻地政府及有关部门的沟通联系,配合完成属地管理布置的各项工作,处理好基地的周边关系;负责基地基本建设与管理、基建资料的收集、归档工作;负责在基地进行的来访参观介绍及接待工作;负责基地水电管理、各种建筑物的维护保养、基地住宿及用餐管理工作;负责基地不动资产管理,协调使用场地资源;负责管理基地会议室、500KVA变压器及电梯;负责基地网线搭接及各种费用缴交分摊工作;负责基地用工管理及安全保卫、防火防盗工作;负责基地环境美化、绿化管养、卫生清扫等工作; 负责车辆与司机管理工作；负责办公用房、会议室、水电、维修、职工宿舍租赁与管理、饭卡办理等后勤服务与保障工作；承担上级部门和院领导交办的其他事项。
二．人事处
主要职责：负责宣传《事业单位人事管理条例》等国家人事制度改革、社保改革、离退休职工管理等相关政策及上级相关规定、制度的贯彻落实；负责编制院人才队伍建设与发展规划并组织落实；负责机构、人员、编制管理，制定和完善相关制度，并组织实施；负责院属各单位领导班子及干部队伍建设与监督管理工作；负责人才引进、公开招聘、培养选拔、教育培训、职称评审等人才队伍建设工作；负责岗位设置、聘用、管理和考核；负责全院年度考核和绩效考核及绩效核算；负责博士后科研工作站的建设与管理、研究生培养基地建设与管理、在职研究生管理等工作；负责职工劳动工资、社会保险、国家规定的津补贴、改革性补贴等薪酬福利待遇的核发及管理；负责领导干部收入水平控制及职工绩效总额控制核算与管理；负责干部人事、劳资社保统计和人事档案及数据库管理；负责离退休职工退休费、医疗费和政治、生活待遇的落实和保障，做好离退休职工来访及慰问，组织开展好离退休职工活动；负责计划生育政策宣传教育和服务管理及其年度达标考核；承担上级部门和院领导交办的其他事项。
三．科技计划处
主要职责：贯彻国家、水利部和珠江水利委员会的科技政策法规，制定院科技发展规划和科研管理的各项规定和办法；负责组织院科研项目的立项论证、推荐上报工作；负责市场开拓和市场信息网络建设；负责管理院科技推广工作；负责项目合同谈判、签订；负责落实项目经费到位；负责院科研项目分配管理；负责项目经费核算、执行过程的监督管理；负责组织科研项目质量审核；负责科研成果的发送管理；负责组织院科技成果的验收、评审和鉴定；组织申报各类科技成果奖励；负责科技成果统计与宣传推广工作；负责各类学会及学术组织管理，组织科技活动与学术交流；负责资质申报和管理工作；组织完成科技成果档案归档工作；协助总工、副总工处理院重大业务技术工作；负责院重大科技项目、合作项目的组织协调；承担上级部门和院领导交办的其他事项。
四．财务处
主要职责:负责财务管理，包括统一调度各项资金，使其充分发挥效益，并保证资金安全正常运转;负责建立健全财务、资产等管理制度并组织实施;负责组织年度部门预算，包括编制年度基本支出预算、组织各有关部门编制年度项目支出预算并汇总上报;负责国库支付工作，包括国库直接支付、国库授权支付;负责政府采购经费管理工作，包括政府采购预算、政府采购计划，上报实施结果;负责全院（包括事业、基建、企业）的会计核算、成本管理、会计决算，并做好财务分析;负责资产管理工作，包括流动资产管理、对外投资管理、固定资产管理、无形资产管理;负责做好税收筹划工作，办理纳税申报、税金减免、跨区涉税、外出经营许可证明等业务;负责提供对外招投标的有关财务经济指标，参与院重大经济决策和经营管理;负责对院控股公司的财务监督、检查，对公司承担的经济指标进行定期考核，维护股东利益;代管水保监测中心站财务工作；承担上级部门和院领导交办的其他事项。
五.党群工作办公室（纪检监察室）
主要职责：负责宣传贯彻党的路线、方针政策，组织开展党建主题活动；负责党的组织建设与管理工作，协助珠江委做好民主党派管理工作；负责纪检、监察工作，组织开展党风廉政建设、纪律教育学习月活动；开展有效的党内监督和行政监督，履行“监督、执纪、问责”职能；积极维护职工权益，协调处理劳务纠纷；负责工、青、妇组织建设与管理工作、组织开展丰富多彩的群团文体活动；负责精神文明建设工作，做好普法宣传教育和干部职工思想教育工作；负责《沟通》杂志的编印;承担上级部门和院领导交办的其他事项。
院属研究所
一、河流海岸研究所
河流海岸研究所围绕国家、流域、区域水利事业的需求，研究河流、河口、海岸治理保护的宏观策略与规划、治理开发方案与实施评估、治理与保护落地技术，河湖管理政策，服务流域水行政管理和经济社会发展。
河流海岸研究所是我院最早成立的业务部门，下辖河道与港航工程研究室、工程水力学及生态水力学研究室、河口海岸动力学研究室、河流河口治理与保护研究室、河湖管理研究室等5个业务科室。
二、水资源研究所
水资源研究所主要从事水文模型与水文预报、水资源调度与配置、水资源规划技术、节水技术、水资源高效利用与管理、水文化及政策法规等方向的研究，为流域、各省（区）市县水资源管理提供技术支撑，同时面向国民经济建设相关行业提供水资源方面的技术服务。全所现有职工50人。
水资源研究所下设5个研究室以及1个珠江流域节约用水研究中心，5个研究室分别是：流域与城市水文研究室、水资源规划与管理研究室、节水与水资源综合利用研究室、水文化与政策法规研究室、水资源调度与配置研究室。
三、水生态环境研究所
水生态环境所主要从事水环境治理及水生态修复应用基础研究，开展流域水源地保护、水生态水环境监测、水工程环境影响与生态影响、河湖健康评估与生态修复等流域水生态水环境关键技术研究和技术产品研发推广，为流域、各省（区）市县水环境治理和水生态修复提供技术支撑。全所现有职工50人。
水生态环境所下设4个研究室以及1个水生态水环境检测监测中心。4个研究室分别是：水生态修复研究室、水环境规划与管理研究室、水环境工程研究室、城市水环境与海绵城市研究室。
四、洪涝灾害防御研究所
洪涝灾害防御研究所围绕“两个坚持，三个转变”的总体要求，以支撑珠江委行政职能及粤港澳大湾区安澜建设为目标，研究政策法规、监测预报预警、水工程调度、抢险技术、社会管理和公众参与等各项举措有机结合高效科学的洪涝灾害综合防御技术体系，为提高流域、区域洪涝灾害防御能力，保障人民生命财产安全提供技术支撑。重点发展方向：洪涝防治规划与战略研究、洪涝潮灾害模拟与决策平台技术、大湾区城市地区洪水预报预警技术、流域水工程预报调度一体化技术、洪涝风险分析评估技术等。全所现有职工35人，其中教授级高工6人，高级工程师12人，工程师10人；获博士学位11人，获硕士学位20人。
洪涝灾害防御研究所下设5个研究室，分别是水利数值模拟技术研究室、城市水务研究室、水工程调度研究室、洪涝灾害智慧防御研究室、洪水风险管理研究室。
五、水利工程研究所
水利工程研究所作为金年会的下属机构，是一支素质高、技术好、力量强的科研团队，经过不断探索和实践形成了"研究队伍整齐、科学技术领先、工程经验丰富、仪器设备一流"的局面，主要从事工程质量检测、勘测、监测、咨询、安全与防护、新材料应用、水工结构等水利工程。水利工程研究所重视人才引进和培养，不断完善专业全面、配置合理的技术力量，现有在职职工130人，教授级高工及高级职称人员16人，博士6人，硕士22人。
水利工程研究所下设工程检测研究室、工程量测与监测研究室、工程安全与防护研究室、新材料研究室、水工结构研究室。拥有3000㎡的综合试验楼，内设土工常规试验室、合成材料试验室、原观仪器试验室、粗颗粒材料试验厅、绝热温升实验室、老化实验室、化学实验室、混凝土试验室和测量实验室、管材试验室等。引进水利部"948"项目资金引进的意大利IDS公司生产的IBIS-L地形微变远程监测仪，远程地形微变监测系统、探地雷达、测量机器人、全站仪、水准仪、GPS、测斜仪等监测仪器40余台（套）；非饱和土多功能三轴仪、混凝土类材料和强度检测设备、岩土类材料和强度检测设备、土体动强度检测和研究设备等约600台（套）。现具有混凝土工程类、岩土工程类、监测与测量类等38类、751项参数的检测资格。
六、智慧水利研究所
智慧水利研究所长期致力于智慧水利创新研发和应用推广，有较深厚技术积累和底蕴，在行业内具有一定的影响力。面向涉水相关行业，提供智慧水利咨询、智慧解决方案及系统应用集成服务，提出“驻地服务、专家服务、全过程解决方案”服务理念。现有职工100余人，专业涉及水文、水工、计算机、自动化、GIS、遥感、通信等，形成水利专业背景和信息化研发能力兼备的复合型人才团队。
智慧水利研究所下设水利智慧平台研究室、水利工程智控研究室、水利智慧感知研究室、水利大数据研究室和灾害防控研究室。
七、遥感与地理信息研究所
遥感与地理信息研究所是金年会历史最悠久的研究团队之一，主要从事水利遥感应用、水土保持、GIS水利应用等方面研究，应用于水土保持“天地一体化”监管，水土流失动态监测，水环境监测，洪涝干旱监测与预警，水土保持规划、设计、调查、监测、验收，水利空间数据库建设，遥感与地理信息系统开发，土地规划与地籍调查等工作。现有技术人员74人，其中博士7人，硕士37人，硕士以上人员占全所60%；教授级高级工程师3人，高级工程师8人，工程师25人，工程师以上人员占全所46%。
遥感与地理信息研究所下设生态环境遥感研究室、水土保持研究室、地理信息工程研究室、水资源遥感研究室、遥感智能应用创新中心。同时,也是珠江流域水土保持监测中心站、珠江委水政监察总队遥感中心的技术依托单位。
院属企业
一．广东华南水电高新技术开发有限公司
广东华南水电高新技术开发有限公司（以下简称公司），是金年会控股的下属企业，成立于1993年4月26日。公司致力于水利高新技术的研究、开发、推广和应用，是国内最早提出并倡导“数字水利”理念的研究开发机构，是广东省科学技术厅批准认定的“广东省水利信息化工程技术研究中心”，是广州市政府采购信息化运行维护定点服务供应商。
二．广州金年会工程勘察设计有限公司
广州金年会工程勘察设计有限公司主要从事水利工程规划、研究、咨询、勘测和设计工作，是金年会人员素质高、技术好、力量强的唯一勘察设计团队。经过多年的发展，设计公司依托金年会在河流动力学、水文水资源、水生态治理、岩土工程及自动化等专业雄厚的科研实力，凭借金年会水利行业长期基础研究及应用研究的积累，立足广东并在珠江流域内的广西、贵州、云南、澳门等地完成了河道整治、水闸、水库安全鉴定及除险加固、新建水库、泵站、灌区节水改造、农田水利重点县、村村通自来水工程等设计类项目200余项；并完成防洪影响评价、防洪排涝规划、水资源论证、内涝水文分析、水土保持方案编制、节能评估、社会稳定风险评估等咨询类项目200余项。
科研平台
一．水利部珠江河口海岸工程技术研究中心
依据水利部水人教[2006]125文件的批复，金年会于2006年组建水利部珠江河口海岸工程技术研究中心（以下简称“工程中心”）。金年会全面负责工程中心的建设和管理工作，履行对工程中心的管理职能。工程中心实行在水利部珠江河口海岸工程技术研究中心管理委员会领导下的主任负责制，设主任1名，副主任2名，中心主任、副主任由管理委员会聘任。工程中心主任全面负责主持工程中心的研究开发和生产经营管理、财务开支和日常管理等工作，副主任协助主任开展工作。管理委员会成员单位主要由自然资源部海域海岛管理司（原国家海洋局海域管理司）、水利部规划计划司、水利部国际合作与科技司、水利部珠江水利委员会、珠江水利委员会金年会等单位组成。工程中心设有中心办公室，协助中心主任开展日常管理工作；同时设有河口海岸治理、水资源保护与水生态修复技术、防灾减灾技术、水利信息化技术等4个研究部，并以广东华南水电高新技术开发有限公司作为研发成果“孵化器”与产业化平台，将研发成果及时转化为新产品、新设计并推广运用。此外，工程中心设有专家委员会，专家委员会负责跟踪中心各个学科国内外发展的前沿，为中心管理层制定中心科技发展战略提供决策支持。
二．水利部珠江河口动力学及伴生过程调控重点实验室
水利部珠江河口动力学及伴生过程调控重点实验室是经水利部认定的依托珠江水利委员会金年会建设的部级重点实验室。水利部珠江河口动力学及伴生过程调控重点实验室成立于2011年，主要从事河口动力及伴生过程调控理论基础研究和应用基础研究。围绕我国河口动力及其伴生过程中的重大关键科技问题，开展创新性研究，为可持续利用河口水资源、提高河口治理科技水平、培养优秀水利科技创新人才提供高层次的平台。
代管机构
珠江流域水土保持监测中心站
珠江流域水土保持监测中心站主要从事汇总和管理流域监测数据，流域各省监测成果进行鉴定和质量认证，掌握和预报流域水土保持动态和趋势，编制水土保持监测报告；开展流域重点治理区、重点预防保护区、重点监督区的水土保持监测工作，组织和开展跨省区域对生态环境有较大影响的开发建设项目的监测工作；负责流域监测工作的技术指导、技术培训，开展监测技术、监测方法的研究及国内外科技合作与交流等工作。业务上受水利部珠江水利委员会和水利部水土保持监测中心的双重指导。
珠江流域水土保持监测中心站下设综合科、监测科。