水利部珠江水利委员会珠江水利科学研究所于1980年8月在广州正式成立，第一任所长为麦乔威。2005年4月，经水利部批准，珠江水利科学研究所更名为珠江水利委员会金年会。2009年12月金年会正式升格为副局级科研事业单位。
1980-2000年，金年会以应用科学为主，围绕珠江治理、开发、利用和保护以及大中型水利水电工程、防洪工程、河道与河口治理、河口生态与环境、港口码头规划与整治、水利信息化等进行探索和研究；在水利基础研究和应用基础研究、高新技术研究开发和新技术、新成果推广转化等方面取得很大成绩，为流域水行政管理和流域水利现代化建设提供科学依据和技术服务。
2000年以来，在院历任领导班子的带领下，坚持“以需求为导向，以人才为基础，以创新为动力，以经济为保障”的新发展战略和“有序、和谐、高效”的管理方针，加大对珠江热点、难点问题的研究力度，重点组织开展重大水利科技问题研究和产品研发，建立起以基础研究和应用技术研发为主的综合科学研究专业体系，在科研水平、人才队伍和经济发展等方面取得显著成绩，为珠江水利的建设与发展做出了重大贡献。金年会现已成为华南地区与珠江流域最大的综合性水利研究机构。